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Développement Bioinformatique retour
d’expérience
Chromosome Browser
Application bioinformatique web développée en
Java qui présente sous forme graphique des
régions de chromosome et de gènes, faisant
apparaître différents marqueurs comme les
Identifiants de Séquence Exprimée, les Sites
de Séquence Identifiée, les Polymorphismes
Nucléotidiques Simples (PNS). Il montre les
propriétés de ces marqueurs et dispose d’une
interface pour concevoir les amorces pour les
PNS, utilisant AutoPrimer. Toutes les
informations sont extraites d’une base de
données Oracle sur le serveur web.
Auto Primer
De nombreux projets bioinformatiques ont
permis de développer le produit « Auto Primer
». Le Moteur de Conception des Amorces (MCA),
qui est la moelle épinière d’Auto Primer, a
été adapté pour fonctionner sous Linux. Un
nouvel algorithme de classement a été
incorporé au MCA, qui permet aux utilisateurs
de mieux identifier les amorces pour un PNS
donné.
L’interface web d’Auto Primer a été modifiée
pour prendre en charge la conception
d’amorces pour la machine à haut débit.
Le MCA a été modifié pour concevoir les
amorces pour la machine à haut débit et pour
transférer ses données sur la base de données
Oracle cette machine.
Une interface a été développée sur le serveur
BLAST en utilisant SOAP depuis autoprimer.com.
Plusieurs modifications ont été apportées a
Autoprimer, basé sur le MCA.
Des outils d’analyse basés sur le MCA ont été
créés, comme View Primer, qui est une
application Visual Basic.
QC Review
QC Review est une application pour visualiser
et valider les résultats de tests de
génotypage réalisés sur SNP Stream (puces
d’analyses) et autres équipements. Il montre
les résultats sous forme de tableaux et
permet de juger de la réussite ou de l’échec
aux tests.
Micro Array DB
Micro Array DB est une application
bioinformatique développée sous Visual Basic
qui s’apparente à un LIMS personnalisé. Il
définit tous les processus qui interviennent
dans la production de plaques de puces à ADN
pour la machine à haut débit. Il trace les
plaques et tous les composants tels que les
réactifs et verres utilisés pour la
production, et génère les rapports pour le
contrôle/suivi des analyses.
QC Metrics
QC Metrics est une application
bioinformatique développée sous Visual Basic
qui trace les performances d’une série de
machine pour puces d’analyses dans le cadre
de la production. Il trace au fil de l’eau et
en fonction des résultats pour faire des
représentations graphiques et des rapports
pour le département d’assurance qualité.
BLAST
Implémentation d’une interface web en Perl
pour se connecter au serveur BLAST. Le module
BLAST a été modifié pour travailler sous
Linux.
UHT Archive
Un module a été développé en Visual Basic
pour sauvegarder et archiver sur un CD les
données générées par la machine à haut débit,
après chargement de ces données sur la base
Oracle.
Vision
Application bioinformatique en Visual Basic
qui permet au collecteur de specimen de
tracer et de gérer les échantillons collectés
ainsi les données qui y sont liées et de les
transférer en ligne à GeneScreen.
Baby Beginnings
Application bioinformatique en Visual Basic
qui génère des certificats montrant le
profile d’ADN d’un bébé pour références
ultérieures. Ces certificats sont édités au
format PDF.
Interface UHT-LIMS
Cette application bioinformatique consiste à
transférer des données depuis la machine à
haut débit vers le LIMS (et vice versa), pour
l’application de tests d’identité basé sur
les polymorphismes nucléotidiques simples.
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